迄今最大规模的婴儿微生物组数据集发表

来源: | 浏览量:174 次 | 发布时间:2019-08-15 21:11

本周《自然》发表的两篇论文 Temporal development of the gut microbiome in early childhood from the TEDDY studyThe human gut microbiome in early-onset type 1 diabetes from the TEDDY study 详细阐述了婴儿肠道菌群的形成。研究结果剖析了微生物组、婴儿发育以及I型糖尿病潜在影响之间的关系

16 rRNA基因测序数据(n=12005)的DMM聚类分析。

Stewart et al.

肠道菌群会不断变化,但从婴儿期到儿童期的变化过渡尚未得到全面理解。研究显示,微生物组可能与不同疾病病理特征有关,包括I型糖尿病 “青少年糖尿病环境决定因素” 。(The Environmental Determinants of Diabetes in the Young ,TEDDY) 研究为考察这一关系,建立了迄今为止规模最大的婴儿微生物组数据集之一,样本来自位于美国、瑞典、德国和芬兰的6个临床中心。

美国贝勒医学院Joseph Petrosino及同事运用基因测序分析了TEDDY研究中903名儿童的12500个粪便样本,这些样本取自月龄为3-46个月的儿童,每月采集一次。作者发现,微生物群的构成以及多样性的变化可分为三个不同阶段:发育期(3-14个月)过渡期(15-30个月)以及稳定期(31个月及以上)

在发育阶段,双歧杆菌(Bifidobacterium)含量升高与母乳喂养有关,而微生物组的多样性会随婴儿断奶后摄入辅食增多而增加。拟杆菌Bacteroides的临时性增加与产道分娩有关,而肠道菌群的多样性和肠道成熟度增加又与拟杆菌增加有关(与分娩方式无关)。此外,兄弟姐妹、接触宠物以及地理位置也是造成微生物组差异的因素。

来自TEDDY I型糖尿病人群的10000多个肠道纵向宏基因组分析。

Vatanen et al.

在另一篇论文中,美国麻省理工学院-哈佛大学博德研究所Curtis Huttenhower及同事通过分析TEDDY研究中783名婴儿的近11000个粪便样本,对发展为I型糖尿病儿童的早期肠道菌群进行了表征。作者发现,没有I型糖尿病的婴儿的微生物组中含有较多与发酵和短链脂肪酸合成相关的基因。结合之前的证据表明,短链脂肪酸或具有保护作用

作者强调,进行取样的婴儿(大多数为非拉美裔白人以及I型糖尿病高危群体)可能无法代表其他群体。这两项研究都对婴儿肠道菌群进行了表征,并为研究人员提供了宝贵资源。

Nature|doi:10.1038/s41586-018-0617-x

Nature|doi:10.1038/s41586-018-0620-2

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Temporal development of the gut microbiome in early childhood from the TEDDY study


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论文The human gut microbiome in early-onset type 1 diabetes from the TEDDY study

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